Zaten 2020’de koronavirüs pandemisinin başlangıcında, bilim insanları virüsün mutasyonlarını izlemenin çok önemli olacağını biliyorlardı. Çünkü yeni türler hastalığın daha da ciddi seyri anlamına gelebiliyor. O zamanlar Santa Cruz’daki Kaliforniya Üniversitesi Genomik Enstitüsü’nde doktora sonrası araştırmacı olan Yatish Turakhia, ‘her yeni örneği gönderdikten sonra’ birkaç dakika içinde bunları bilinen tüm SARS-CoV varyantlarını içeren bir aile ağacıyla birleştirerek Kovid varyantlarını takip edecek yazılımın geliştirilmesine yardımcı oldu. 2 sınıflandırılmış genom. Turakhia, yaptığı çalışmalarla artık MIT Technology Review’un Amerika baskısının her yıl düzenlediği “35 Yaş Altı Yenilikçiler” yarışmasının kazananları arasında yer alıyor. Bunların arasında “Yılın Yenilikçisi” unvanını da alan yapay zeka güvenlik araştırmacısı Sharon Li de var.
Duyuru
Yatiş Turakhia
(Resim: Damon Casarez)
2021’den bu yana çevrimiçi olarak erişilebilen UShER adlı araç, artık 15 milyondan fazla viral diziyi kaydediyor ve neredeyse her gün yenileri ekleniyor. Araştırmacıların ve sağlık otoritelerinin yeni türleri keşfetmesine, bunları adlandırmasına ve gelişimlerini takip etmesine yardımcı olur. Bu, dünya çapındaki virüsü gerçek zamanlı ve doğru bir şekilde izlemelerine olanak tanır.
Corona varyantlarının tespiti
Ekip yakın zamanda, UShER aile ağacının geniş yapısını inceleyen ve Kovid varyantlarının belirli “dallarının” sözde rekombinasyonlar, yani genetik olarak farklı hibrit varyantlar olup olmadığını belirleyen RIPPLES adında başka bir yazılım aracı geliştirdi. Örneğin, bir rekombinasyon genomunun bir kısmını Delta varyantından, diğer kısmını da Omicron varyantından alabilir. Esasen iki “ebeveynleri” olduğundan, rekombinasyonlar daha nadirdir ve tanımlanması daha zordur.
RIPPLES’ı geliştirmeden önce bilim insanları potansiyel rekombinasyonları yalnızca diğer varyantlarda keşfettikleri hedeflenen mutasyonları hatırlayarak tanımlayabiliyorlardı. RIPPLES bu süreci otomatik hale getiriyor ve uzmanların virüsün evrimsel tarihini yeniden yapılandırmasına olanak tanıyor. Ayrıca daha önce bilinmeyen bir dizinin gerçekten bağımsız bir mutasyon mu yoksa mevcut varyantların bir kombinasyonu mu olduğunu anlamalarına da yardımcı oluyor.
Projede Turakhia ile birlikte çalışan UCSC Genomik Enstitüsü bilimsel direktörü David Haussler, “Yatish’in çalışması olmasaydı, koronavirüsün yayılmasına ilişkin anlayışımız daha az gelişmiş olurdu” diyor. “Algoritması virüsün nasıl geliştiğini tüm genetik ayrıntılarıyla gösteriyor.”
Kovid, RSV, maymun çiçeği
Araç 2022’de piyasaya sürüldüğünden bu yana RIPPLES, yüzlerce yeni SARS-CoV-2 rekombinasyonunun keşfedilmesine yardımcı oldu. Turakhia, “Sırf yardımcı olmak istediğim için pandemi sırasında bunun üzerinde çalışmaya başladım” diyor. “Şimdi, yeni bir dizimiz olduğunda, uzmanlar bu yeni varyantın Omicron’dan daha bulaşıcı ve immün invaziv olup olmayacağını tahmin edebilecek modelleri eğitmek için UShER’i zaten kullandılar. Ve bu sadece bu büyük veri tabanına dayanıyor.”
UshER ve RIPPLES, Kovid’i tespit etme ihtiyacından doğdu. Ancak bilim adamlarının diğer patojenlerin salgınlarıyla mücadele etmesine de yardımcı olabilirler. Yatish Turakhia ve ekibi bunları halihazırda RSV olarak da bilinen solunum sinsityal virüsünü ve maymun çiçeğini izlemek için kullanıyor. Yakında tüberküloz ve gribi de kayıt altına almak isteyecekler. Her iki enfeksiyonun da izlenmesi zordur çünkü bunların türleri genetik olarak çoğu hastalığınkinden daha çeşitlidir; bu nedenle örneğin grip her yıl yeni bir aşı gerektirir. Turakhia, ekibin her iki patojen konusunda da iyi ilerleme kaydettiğini söylüyor.
“Gelecekte temel olarak her türlü patojene uygun araçlar geliştireceğiz. Amacımız bu” diye ekliyor. “Patojenleri daha iyi kontrol altında tutmak ve patojenlerin gelişimine daha iyi yanıt veren ve dolayısıyla hayat kurtarabilecek aşılar geliştirmek istiyoruz.”
Yatish Turakhia, “35 Yaş Altı Yenilikçiler” yarışmasının kazananlarından biri. MIT Technology Review dergisinin Amerika baskısının ev sahipliği yaptığı yarışma, inovasyona öncülük eden gençleri ödüllendiriyor. Seçilen yeteneklerin tam genel bakışını burada bulabilirsiniz. Young Suk Jo, Lerrel Pinto ve Sharon Li de onurlandırıldı ve bir portrede resmedildi ve aynı zamanda “Yılın Yenilikçisi” özel unvanını aldı.
(Jle)
Haberin Sonu
Duyuru
Yatiş Turakhia
(Resim: Damon Casarez)
2021’den bu yana çevrimiçi olarak erişilebilen UShER adlı araç, artık 15 milyondan fazla viral diziyi kaydediyor ve neredeyse her gün yenileri ekleniyor. Araştırmacıların ve sağlık otoritelerinin yeni türleri keşfetmesine, bunları adlandırmasına ve gelişimlerini takip etmesine yardımcı olur. Bu, dünya çapındaki virüsü gerçek zamanlı ve doğru bir şekilde izlemelerine olanak tanır.
Corona varyantlarının tespiti
Ekip yakın zamanda, UShER aile ağacının geniş yapısını inceleyen ve Kovid varyantlarının belirli “dallarının” sözde rekombinasyonlar, yani genetik olarak farklı hibrit varyantlar olup olmadığını belirleyen RIPPLES adında başka bir yazılım aracı geliştirdi. Örneğin, bir rekombinasyon genomunun bir kısmını Delta varyantından, diğer kısmını da Omicron varyantından alabilir. Esasen iki “ebeveynleri” olduğundan, rekombinasyonlar daha nadirdir ve tanımlanması daha zordur.
RIPPLES’ı geliştirmeden önce bilim insanları potansiyel rekombinasyonları yalnızca diğer varyantlarda keşfettikleri hedeflenen mutasyonları hatırlayarak tanımlayabiliyorlardı. RIPPLES bu süreci otomatik hale getiriyor ve uzmanların virüsün evrimsel tarihini yeniden yapılandırmasına olanak tanıyor. Ayrıca daha önce bilinmeyen bir dizinin gerçekten bağımsız bir mutasyon mu yoksa mevcut varyantların bir kombinasyonu mu olduğunu anlamalarına da yardımcı oluyor.
Projede Turakhia ile birlikte çalışan UCSC Genomik Enstitüsü bilimsel direktörü David Haussler, “Yatish’in çalışması olmasaydı, koronavirüsün yayılmasına ilişkin anlayışımız daha az gelişmiş olurdu” diyor. “Algoritması virüsün nasıl geliştiğini tüm genetik ayrıntılarıyla gösteriyor.”
Kovid, RSV, maymun çiçeği
Araç 2022’de piyasaya sürüldüğünden bu yana RIPPLES, yüzlerce yeni SARS-CoV-2 rekombinasyonunun keşfedilmesine yardımcı oldu. Turakhia, “Sırf yardımcı olmak istediğim için pandemi sırasında bunun üzerinde çalışmaya başladım” diyor. “Şimdi, yeni bir dizimiz olduğunda, uzmanlar bu yeni varyantın Omicron’dan daha bulaşıcı ve immün invaziv olup olmayacağını tahmin edebilecek modelleri eğitmek için UShER’i zaten kullandılar. Ve bu sadece bu büyük veri tabanına dayanıyor.”
UshER ve RIPPLES, Kovid’i tespit etme ihtiyacından doğdu. Ancak bilim adamlarının diğer patojenlerin salgınlarıyla mücadele etmesine de yardımcı olabilirler. Yatish Turakhia ve ekibi bunları halihazırda RSV olarak da bilinen solunum sinsityal virüsünü ve maymun çiçeğini izlemek için kullanıyor. Yakında tüberküloz ve gribi de kayıt altına almak isteyecekler. Her iki enfeksiyonun da izlenmesi zordur çünkü bunların türleri genetik olarak çoğu hastalığınkinden daha çeşitlidir; bu nedenle örneğin grip her yıl yeni bir aşı gerektirir. Turakhia, ekibin her iki patojen konusunda da iyi ilerleme kaydettiğini söylüyor.
“Gelecekte temel olarak her türlü patojene uygun araçlar geliştireceğiz. Amacımız bu” diye ekliyor. “Patojenleri daha iyi kontrol altında tutmak ve patojenlerin gelişimine daha iyi yanıt veren ve dolayısıyla hayat kurtarabilecek aşılar geliştirmek istiyoruz.”
Yatish Turakhia, “35 Yaş Altı Yenilikçiler” yarışmasının kazananlarından biri. MIT Technology Review dergisinin Amerika baskısının ev sahipliği yaptığı yarışma, inovasyona öncülük eden gençleri ödüllendiriyor. Seçilen yeteneklerin tam genel bakışını burada bulabilirsiniz. Young Suk Jo, Lerrel Pinto ve Sharon Li de onurlandırıldı ve bir portrede resmedildi ve aynı zamanda “Yılın Yenilikçisi” özel unvanını aldı.
(Jle)
Haberin Sonu